In de twaalfde en dertiende eeuw bedacht men normaal gesproken niet direct een naam voor een nederzetting, zeker niet als die uit een paar huisjes bestond en nog geen voorzieningen had, zoals een kerk. In het begin was er nog helemaal geen naam en duidde men de woonplek aan met een beschrijving waarmee anderen zich de precieze plek voor de geest konden halen: “in het zuiden, bij de burg” (Souburg) , “bij het veer” (Veere) of: “in het westen, bij de kapel” (Westkapelle). Wanneer de nederzetting uitgroeide tot een dorp en zeker wanneer er een kerk werd gebouwd en er officieel sprake was van een parochie, kwam er een naam. Die was nodig voor de kerkelijke en grafelijke administratie en werd dan meestal afgeleid van de naam die daarvoor was gebruikt om de plek van de vroegste bewoning aan te duiden.
Voor Vlissingen gold hetzelfde, behalve dan dat er in deze naam woorden werden gebruikt die later in de vergetelheid zijn geraakt. Dat was ook de reden waarom er zolang, tot op de dag van vandaag, is gegist naar de herkomst van de naam Vlissingen. De grote fout hierbij was de gedachte dat er eerst een stad of een dorp werd gesticht en dat er vervolgens een naam bij werd bedacht. Dat klopte wel voor het huidige Vlissingen dat, inclusief drie havens, nieuw uit de grond werd gestampt en vervolgens de naam kreeg van het in de buurt gelegen dorpje Vlissingen: Nieuw-Vlissingen. Men was toen waarschijnlijk al lang vergeten waar de naam van het dorpje ook al weer vandaan kwam, zo men dat ooit heeft geweten, waarna het grote gissen kon beginnen.
Dat klopte niet voor het veel oudere dorp Vlissingen. De allereerste inwoners, het zullen er hooguit een stuk of tien zijn geweest, vertelden gewoon waar ze ongeveer woonden wanneer ze ergens anders kwamen om bijvoorbeeld vis of zout aan de man te brengen of om graan te kopen. Ze omschreven de plek en noemden dan de twee belangrijkste herkenningspunten: de kreek waarlangs het dorp was gebouwd om de richting aan te geven en het achterste gedeelte, dat veel minder dan het voorste deel onderhevig was aan de dagelijkse eb- en vloedstromen en dus bijna stil stond, als de meer precieze aanduiding. Dat laatste werd aangegeven met de woorden “vlaas-”, “flesk-” of “vles-”. Het eerste, de kreek, met “-ingen”. “Ik woon in Vlissingen” betekende dus eigenlijk: “Ik woon bij het stilstaande water, aan het eind van de kreek”.